全国湿地资源普查结果显示，南通市共有湿地45.85万公顷（水稻田除外），其中自然湿地（包括近海与海岸湿地、湖泊湿地、河流湿地、沼泽湿地）42.3万公顷，人工湿地3.5万公顷，居全省第二位。
针对湿地资源遭围垦、污染、过度利用等严峻形势，南通市将湿地保护作为生态文明建设的一大重点，扎实开展自然湿地保护及退化湿地生态修复工作。
南通市提出到2015年全市自然湿地保护率达40%以上的奋斗目标。2010年前后，南通市组织对开沙岛湿地进行修复，在岛上种植芦苇5000多亩。此后，修复退化湿地生态，恢复扩大湿地面积的工作持续展开。每年湿地修复面积达4000亩以上。修复后的湿地生态状况明显改善。据统计，全市已建成自然湿地保护小区13个，总面积12.91万公顷，全市自然湿地保护率由2010年的9.55%增加到2014年的36%。
去年，南通市政府印发《市生态红线区域保护规划》，把南通市的重要湿地纳入规划，并明确将生态红线区域范围内的湿地分为一级管控区、二级管控区进行严格管理，并出台专门的考核评估办法，逐年对保护管理状况予以评估考核。
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