云南是森林资源大省，但生态十分脆弱，而木材运输管理就是森林资源管理的主要环节和重要手段。草案规定，县级以上林业主管部门负责本行政区域内木材运输的监督管理工作;商务、海关、交通、检验检疫等部门依照职责也要做好木材运输的管理工作。
运输木材，应当持有林业主管部门核发的木材运输证，该证由省政府林业主管部门按照国家林业主管部门统一样式印制，由起运地县级以上政府林业主管部门或其委托的乡镇林业站核发。木材运输证在核发的有效期限内只能使用一次，随货同行，所运木材应与证上记载的树种、材种、规格、数量一致。
木材检查站负责对过往运载工具运输的木材进行检查。而各地若要设立木材检查站则应经省政府批准，可以采取固定检查和流动稽查相结合的方式进行检查。核发木材运输证，应当自收到申请人提交的申请材料之日起2个工作日内决定核发或者不予核发;决定不予核发的，应书面告知理由。任何单位和个人不得承运应当凭证运输但无木材运输证的木材。
若是违反规定，有下列情形之一的，由县级以上政府林业主管部门予以处罚：无木材运输证运输木材的，没收非法运输的木材，对货主可以并处非法运输木材价值30%以下的罚款;运输木材的树种、材种、规格与木材运输证记载不符或者超过规定数量的，没收其不符或者超过部分的木材;使用伪造、涂改的木材运输证运输木材的，没收非法运输的木材，并处没收木材价值10%至30%的罚款。没收的木材，可以依法变卖或者拍卖，所得款项全额上缴国库。
